Trondheim hadde store bybranner i 1651 og 1681. Johan Caspar von Cicignon skulle gjenreise Trondheim etter oppdrag fra kongen, og bryggerekka i Kjøpmannsgata ble bygget etter byplanen utarbeidet av han. Det ble gjort brannsikringstiltak, hvor bryggene i Kjøpmannsgata ble bygget på et lavereliggende nivå, parallelt med en trerekke på toppen av skråningen for å forhindre evt. nye brannfarer. Det har i ettertid vært flere store og små bybranner i Trondheim, og bl.a. i 1967 og 1983 gikk flere av de eldste bryggene i Kjøpmannsgata tapt. Derfor er Huitfeldtbrygga ansett til å være et svært verdifullt og viktig minne om en svunnen tid.

Kjøpmannsgata var på denne tiden en byens fremste gate, hvor kjøpmennene holdt sted. Henrik Hornemann (1644-1716) innvandret til Norge fra Tyskland, og var en at de mest innflytelsesrike kjøpmennene i byen. Henrich Hornemann, en av hans slektninger, er den første eieren av Huitfeldtbrygga. Han står oppført som eier av branntaksten fra 1766. I følge Byantikvaren, ble Huitfeldtbrygga bygget for amtmann Hans Hagerup i 1740-årene. Det har i ettertid vært flere oppførte eiere på 1700-tallet.

Nicolay Heinrich Knudtzon (1787-1837), grosserer fra Kristiansund og kjent mann i fiskeeksporten, overtok Huitfeldtbrygga i 1830. Han og hans etterkommere gjorde det stort med klippfiskeksport. I 1840 ble brygga overtatt av av konsul Arild Christopher Huitfeldt (1813-1877). I følge branntakstprotokollen fra 1841 sies det at brygga var godt utbedret og hadde en stor verdiøkning. Huitfeldt bodde i Huitfeldtgården i Kjøpmannsgata 14. Han var en arbeidsom og driftig forretningsmann. Han drev med foredling av trelast, utvinning og eksport av andre materialer og svovelkis fra egne gruver, produksjon av gjødselsstoffer, teglverksdrift og mønsterjordbruk i flere steder i Trøndelag. Fabrikken ved Nidelva, på motsatt side av elven, var uansett hans største interesse, denne ble grunnlagt av Huitfeldts svigerfar, men Huitfeldt selv var hovedaksjonær og sjef. De produserte et dampskip og et lokomotiv, men Huitfeldtbrygga var mest kjent som lokale for trelastvirksomhet under Huitfeldts tid.I branntaksten fra 1878 står det skrevet at 1. og 2. etasje var slått sammen, trolig pga. plass til trelastvirksomheten. Mot slutten av 1800-tallet ble bryggens betydning endret pga. utviklingen av samferdsel; sjøveien var ikke lenger viktigst. Bryggene ble nå brukt som lager og ikke havn.

Ivar Huitfeldt, Henriks sønn, førte arven videre. På 1900-tallet fikk bedriften økonomiske nedgangstider, og Huitfeldt disponerte ikke lenger brygga alene, men leide ut lagerplass. I 1937 ble brygga solgt av konkursboet til A. Huitfeldt og CO til Glassmester Andreas L. Riis. Eierbyttet førtet til ytterligere forandringer i romfordelingen i brygga. Etter at bilen ble allemannseie ble brygga også endret slik at det gikk an å rygge inn med varer i 1. etasje. Etter Riis har Huitfeldtbrygga hatt en rekke eiere.

Brygga bærer preg av 40 – 50 års manglende vedlikehold. Bryggas fundamentering med bunnstokker, stolper og bindebjelker er kritisk dårlig. Yttervegger i laft er ødelagt av råte og det er taklekkasjer. Brygga har en helling mot elva som på det verste punktet ser ut til å være ca 1,5 meter under et normalt nivå.

2016: Lord Eiendom As er 100 % eier av brygga fra 2016. Høsten 2016 sikres bryggas fundamentering med forskalingsstøtter i stål og det utføres nødreparasjoner. Det legges en 3 års plan i den hensikt å bringe brygga tilbake i posisjon. Brygga må jekkes opp, og det legges planer for nye fundamenter, nye laftevegger, nytt tak samt reparasjon av kledning og vinduer. Arbeidet forventes å strekke seg fra 2018 – 2021. Byantikvaren i Trondheim bistår med verdifulle råd og veiledning. Riksantikvaren, Sør Trøndelag Fylkeskommune, Kulturminnefondet, Fortidsminneforeningen og Unistiftelsen bevilger økonomiske tilskudd slik at denne restaureringen er mulig gjennomføre.